تطوير الدراسة كماً ونوعاً بما يتفق وأهداف الجامعة الأساسية والمتمثلة باستحداث مسارات وقنوات جديدة في الدراسات الجامعية والدراسات العليا لتتماشى مع التطورات الحديثة بحيث تكون التخصصات والبحوث منسجمة مع التطور العلمي ومتطلبات سوق العمل للبلد تبعاً للاكتشافات المتتالية والتقدم المتسارع في مجال الهندسة المدنية في جميع مرافق الحياة الإنسانية المعاصرة ونشاطاتها بحيث يكون الطالب الخريج هو نتاج البرنامج الاكاديمي ذو جودة عالية ومكتسباً مهارة كيفية التفكير والتحليل والاستنباط والمعالجة والتقييم.

يهدف القسم من خلال المناهج العلمية والهندسية منذ تأسيسه وحتى اليوم الى:

1. اعداد الملاكات الهندسية القيادية ذات التميز العلمي والمهني، وبكفاءة تؤهلهم لتقديم الخدمة العلمية الشاملة لمسيرة البناء وإدارة المشاريع الهندسية باختصاصات واسعة في هندسة الإنشاءات والجسور، وهندسة الأسس، والطرق والمواصلات، وشبكات الصرف الصحي، وشبكات الماء، ووحدات ومجمعات التصفية والمعالجة.

2. تحقيق المعايير المهنية من خلال الاعتماد على المناهج وتنفيذ المقررات المعدة.

3. بناء قاعدة علمية رصينة للمهندس تؤهله لمسيرة البحث العلمي، من خلال الدراسات العليا التي تشمل:

شهادة الماجستير لثلاثة فروع في الهندسة المدنية وهي:

• الهندسة الإنشائية.

• هندسة المساحة والمواصلات.

• هندسة المياه والبيئة.

4. يهدف القسم إلى رفد جامعات ليبيا الفتية منها بالملاك التدريسي، حيث أن خريجي قسم الهندسة المدنية في جامعة المرقب من حملة الشهادات العليا ساهموا في رفد المسيرة العلمية لبعض من الجامعات الليبية.

5. تنمية قدرات ومدارك الطلاب على الربط بين الدراسات النظرية والدراسات التطبيقية.

6. اعداد الاستشاريين والمساهمة في تقديم الاستشارات العلمية والهندسية، من خلال قنوات مختلفة منها إدارة الاستشارات والبحوث بجامعة المرقب، حيث ابتدأ قسم الهندسة المدنية منذ أربع سنوات بتقديم خدمات تنفيذية لمشاريع المؤسسات الرسمية عن طريق اجراء الفحوصات المختبرية والموقعية للمواد الداخلة في التشييد والمنتجات البنائية المختلفة، وتقييم صلاحية هذه المواد والأعمال لبعض من الجهات الحكومية والشركات الخاصة.